前島密氏ほか明治政府の要人や海運界首脳約50名が発起人となり、当会を設立したのは、明治13年(1880年)8月のことであるが、実質的な事業の開始は、翌14年6月、東京府南品川にある心海寺の一部を借り受けて「海員寄宿所」を開設したことに始まった。
　当時の船員は、厳しく劣悪な労働環境の下、江戸幕府以来の船方の悪習をそのまま引きずっていたため、これを早急に是正し、生活習慣を改めさせなければ、近代的な海運の発展が望めないと考えたからである。
　その後、宿泊の提供に加えて、乗船の斡旋、船員の教育訓練、遭難船遺族への弔意・慰安などの事業を行なう一方、船員に対する医療の提供など、幅広く福利厚生に努めてきたところである。
　これらの事業は、第二次大戦後、国の直轄事業や他の公益法人の業務として引き継がれ、掖済会には主として医療事業が残ることとなった。
　これを契機として、掖済会は、地域住民の方々のための医療・福祉に専念することとなった。
　現在、掖済会は、東京に本部を置き、全国各地に病院8、診療所2、介護老人保健施設2、看護専門学校1を運営しており、職員数は約2900名となっている。
　なお、掖済会は、我が国で最も古い公益法人であり、明治31年民法が施行されたが、掖済会は民法施行前から独立の財産を有する社団であったため、民法施行法の規定により、明治31年10月20日付けで認可を受け、法人登記第一号となった。また、平成25年4月1日に一般社団法人へ移行し、令和２年４月1日には公益社団法人へ移行した。

（１）医療援護に関すること
（２）児童及び障害者の福祉に関すること
（３）老人保健福祉に関すること
（４）保健指導及び疾病予防に関すること
（５）前各号の事業を遂行するための病院、診療所、介護老人保健施設、看護専門学校その他施設の　　　設置運営に関すること
（６）船員の育英に関すること
（７）身上及び家事相談に関すること
（８）船内衛生の教育及び保持に関すること
（９）海事思想の普及に関すること
（10）海事関係図書の発行に関すること
（11）その他本会の目的達成に必要なこと

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