昭和２４年、結核の蔓延と伝染病の発生に加えて、依然として増加を続ける港湾労働災害の発生は、港運事業者のみならず、港湾労働者側からも本格的な病院の設置が要望されるところとなり、昭和２５年中突堤診療所の増改築を行い、神戸港湾病院を完成した。
昭和２９年神戸港湾関係事業者を被保険者とする神戸港湾健康保険組合が設立されるに至り、健康保険組合は、移管と同時に病院の増改築を行い、鉄筋コンクリート造地上３階建・病床数７３床、診療科目、内科・外科・整形外科・放射線科の直営病院の運営を開始した。
　昭和４０年港湾労働法の施行に伴い、健保組合加入事業者の日雇労働者の常用化による休業補償費が増加したことに加えて、医療費の高騰もあり、健保組合の財政は著しく悪化した上に、医局制度の改革、給与等の待遇改善の要求にも応ずることが出来ず、医師の確保にも事欠く状態となり、施設の老朽化と併せて診療機能の低下をきたし、港湾病院としての使命を充分に果たし得ない状況となった。
その頃の神戸港は、ポートアイランドの完成も間近く、港湾施設の拡充と共に、港湾労働者の増加に併せて、作業の機械化が進展する最中で、多発する労働災害と、化学物質・毒物性物質の荷役による中毒症、或いは酸欠症等、職業病に対する近代的治療及びその予防措置が必要とされる状況下にあって、その多くが労働災害者と港湾健保の被保険者であり、神戸港湾病院の再建を望む声は一際大きく、港運業界では病院の運営母体の強化対策について、協議・検討を重ねた結果、昭和４７年財団法人 神戸港湾医療保健協会を設立して、病院経営に当たることとした。
医療保健協会は、昭和５１年神戸市と連携して労働省並びに労働福祉事業団に対して、神戸港湾労災病院の設置についての陳情を行った結果、昭和５２年度から３ヵ年計画で、労働福祉事業団による「神戸港湾労災病院」の建設が決定した。
医療保健協会では、昭和５５年３月、新病院の完成に伴い、労働福祉事業団との間に、労働災害を被った被災者の治療を優先することを主旨とした業務委託契約を締結し、昭和５５年４月、病床９１床診療科目、内科・外科・循環器科・胃腸科・整形外科及び健康診断業務（後の主体事業）の新設病院「神戸みなと病院」を開設した。
労働災害が業界あげての努力により、通年減少を続ける実勢に鑑み、神戸みなと病院に課せられた、港湾における労災及び職業病対策としての医療の使命は既に終わったものと判断するに至り、兵庫県港運協会は、病院運営の方向転換を図ることとした。
労働福祉事業団に対して、病院運営委託契約の解除を申入れ、病院業務を廃止し、平成６年３月以降は、内科の外来診療と健康診断、生活習慣病健診を行う診療所として、新しく発足した。
平成７年６月高齢化社会への対応として、新しい療養提供施設である老人保健施設を併設することとなった。ところが平成７年１月神戸市街を襲った阪神淡路大震災は、物損だけでは止まらず港湾における経済状態が悪化し、港湾従事者が減少を続け健診受診者数が激減、更には、市民生活の混乱から老人保健施設の利用者数も低迷が続き、新体制による発足直後から、協会の経営を圧迫する事態となった。その後、平成１２年には、介護保険法が施行されると共に、徐々にではあるが神戸港も港勢を取り戻し、協会運営改善の兆しが見える状況になった。

（目的）
第４条　この法人は、兵庫県及び大阪府の港湾関係事業従事者、その家族及び高齢者の医療・保健・介護・福祉の増進に寄与することを目的とする。

（事業）
第５条　この法人は、前条の目的を達成するため、次の事業を行う。
(1) 港湾関係事業従事者及びその家族に対する医療に関する事業
(2) 港湾関係事業従事者の労働衛生法に関する事業
(3) 高齢者の保健及び介護に関する事業
(4) その他この法人の目的を達成するために必要な事業　

無