九州地区獣医師会連合会では、2000年よりツシマヤマネコとイリオモテヤマネコを絶滅から救うため、ヤマネコ保護協議会を設置し、生態的に競合し感染症を媒介する捨て猫を減らすことを目的として、飼い猫の避妊去勢無料手術やマイクロチップによる個体登録などを実施してきた。また沖縄県やんばる地域でもヤンバルクイナを守るため、沖縄県獣医師会の若手が同様の活動を展開した。これらの活動が契機となり、2004年にはやんばる地域で全国初のネコのマイクロチップ登録条例が制定された。同年、社会の要請に応えるため非営利の動物医療団体「どうぶつたちの病院」を設立（法人登記所管・沖縄県）し、2008年、活動範囲拡大のため、沖縄地域（沖縄法人）とそれ以外の地域（東京法人・当法人）で法人を分離登記し、2法人体制とした。当法人理事長の杉谷篤志氏は臨床獣医師であり（社）福岡県獣医師会副会長を務める。
対馬では、ツシマヤマネコの絶滅を回避し、将来の野生復帰を見据え、対馬で初の獣医師が常駐する動物医療施設「対馬動物医療センター」を2004年に設置し、動物医療提供、適正飼育の普及活動などを実施している。2006年からは、環境省対馬野生生物保護センターのツシマヤマネコの飼育や健康管理業務なども実施している。
世界遺産候補地に指定された小笠原では、イエネコなど外来種の影響で多くの希少動物が絶滅に瀕しているため、その対策に関する技術と物資の支援を2005年から開始している。2006年には島民への普及啓発活動（島ネコ懇談会）を展開し、2008年には飼育動物の野生化実態調査や動物医療の提供などを行った。

野生動物の保護および飼育動物の適正飼養に関する事業を行い、環境保全に寄与することを目的とする。とくに離島などの動物医療過疎地域における外来種や感染症などによって絶滅に瀕する野生動物の保護活動を優先する。現在は、対馬や小笠原等においてプロジェクトを実行している。

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