1924（大正13）年6月13日、科学者相互の協力と科学知識の普及とにより国利民福を図ることを目的に、日本国内の科学者200余名の理事および評議員を迎えて、財団法人科学知識普及会として文部大臣の法人設立許可を得て発足しました。多くの会員を集め、会誌「科學知識」の刊行や「科學年鑑」の編纂などの事業を活発に行いました。
1944（昭和19）年、東京工業大学内で活動していた日本科学協会と合併し、財団法人日本科学協会と改称いたしました。 戦争などにより法人の殆どの運営業務は休止していた時期もありましたが、少数の専務理事により科学書籍の発行などの活動は継続していました。
1975（昭和50）年、当時の業務処理を一任されていた篠遠喜人専務理事は、法人再興の趣意を財団法人日本船舶振興会会長笹川良一氏、日本学術会議会長茅誠司氏に伝え、休眠していた法人が再発足しました。
1976（昭和51）年、財団法人日本船舶振興会（日本財団）から資金交付を受けて法人の活性化を図りました。
2012（平成24）年、内閣府より公益法人の認定を受け、公益財団法人日本科学協会となり、現在に至ります。

(1) 科学者・技術者の育成並びに研究の奨励及び助成
(2) 科学・技術普及のための研究会・セミナー・展示会などの開催
(3) 科学・技術に関する調査研究
(4) 科学・技術に関する情報発信・提供
(5) 教育・研究図書等の収集・提供
(6) 科学者・技術者等の国際交流及び親善
(7) その他この法人の目的を達成するために必要な事業

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