1990年代後半より、京都大学では環境問題の解決を目的とした体系的な教育研究体制の整備が検討され、フィールド科学教育研究センター（略称フィールド研）は、その一環として2003年4月に全学共同利用組織として発足した。各施設は太平洋側から日本海に至る近畿圏を中心に北海道や山口県を含む広域に位置している。
　フィールド研は、多様な自然環境を持つフィールドを出発点として、森と川と海のつながりに、人と自然の共存の道が内包された里の知恵をつなぐ新たな統合学問「森里海連環学」に関する教育研究を進めている。特に、文部科学省概算要求（連携融合事業）による研究プロジェクト（2009年度～2014年度）に採択された「森里海連環学による地域循環木文化社会創出事業」（木文化プロジェクト）は、由良川（京都府）と仁淀川（高知県）の流域を対象として、間伐操作実験や意識調査等を精力的に実施している。
　また、京都大学の全学共通教育として、少人数セミナー（ポケゼミ）などの各フィールドでの実習を精力的に実施し、多くの学部の大学生に大きな刺激を与えている。他大学の実習も多く受け入れており、2011年度から２施設が文部科学省の教育関係共同利用拠点として認定された。その他、高校生向けの実習や地域の小中学校との連携事業も数多く実施している。
　さらに、公開講座、時計台対話集会や地域連携講座など、一般の方々への啓発活動や、地域社会との関係を重視した取り組みも精力的に行っている。

教育研究部
　研究推進部門、森林生態系部門、里域生態系部門、海洋生態系部門 の4部門、7分野から構成されている。森－里－海の連環を軸とした教育・研究を進める。
　2012年4月より、公益財団法人 日本財団の助成により、京都大学学際融合教育研究推進センターに「森里海連環学教育ユニット」が発足した。

管理技術部
　企画情報室と森里海連環学プロジェクト支援室、森林、里域、水域の3フィールド管理部門、9施設からなる。フィールドの管理・運営および基礎情報の収集、情報管理、技術開発、教育研究支援を行う。

施設
森林ステーション
　芦生研究林　京都府南丹市美山町
　北海道研究林　標茶区　北海道川上郡標茶町
　　　　　　　　白糠区　北海道白糠郡白糠町
　和歌山研究林　和歌山県有田郡有田川町
里域ステーション
　上賀茂試験地　 京都市北区
　徳山試験地　山口県周南市
　北白川試験地　京都市左京区
　紀伊大島実験所　和歌山県東牟婁郡串本町
海域ステーション
　舞鶴水産実験所　京都府舞鶴市
　瀬戸臨海実験所　和歌山県西牟婁郡白浜町

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