以前より、緑川水系を通した交流が行われていたが、1992年6月に開催された熊本日日新聞社主催「ふるさと環境会議」が開催されたことを機に、緑川の上流域と下流域間での、子供の交流や環境問題、地域づくり活動などの交流か本格的になった。
　その後、数度の流域連携の会議を経て、1993年6月27日に緑川の清流を取り戻す流域連絡会を発足し、このあと流域の環境保全や地域振興を目的とした活動体として流域連絡会が機能する。
　流域連絡会の活動として、漁民の森植樹活動(1994〜1999年)、緑川と五ヶ瀬川流域交流会(1996年5月)、有明海横断カヌーツーリング(1994年8月、2001年7月)、環有明交流会(1996年９月、2000年7月)等をおこないつつ、流域の統一行動として「緑川の日」を設定。毎年、その日に流域一斉清掃と交流会を開催している。緑川の日は、２回目より流域自治体と共同で、実行委員会を設け連携を図りながらの開催となっている。
　1994年に第１回緑川の日開催し、第10回の緑川の日以降は、関係者有志が集まり、今後の流域連携活動の母体としてのあり方を検討し、法人格を持った組織形態の移行が望ましいとの結論に達し、NPO法人格を取得した。
　法人格取得後は、毎年緑川の日を実施の他、国土交通省九州地方整備局熊本河川国道事務所の業務の受託、現在、緑川防災情報室の運営業務協定を結び管理運営を行っている。

○地域連携・流域連携に関する事業
○文化の保全と創造に関する事業
○水辺での遊びやスポーツの振興のための事業
○水害・水難の防止に関する事業
○環境教育および自然体験に関する事業
○流域の経済および産業の振興のための事業
○健全な水循環系の構築に関する事業
○上記に掲げる活動を行う団体の運営または活動に関する調整と協力などの事業

緑川流域における環境団体や地域づくり団体によって構成される流域の中間的支援組織で、流域の環境保全や地域づくり活動等について各団体が行う活動を支援している。
また、九州の流域（直轄２０河川）で構成されるNPO法人九州流域連携会議（事務局：福岡県久留米市、事務局長：当団体の事務局長が兼任）の主要メンバーともなっており、九州各地の流域団体とも交流し、九州における流域環境の保全活動も支援している。

石工養成講座等の支援
サントリーキッズドリームプロジェクト協力事業（サントリー）

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