１９２８年３月昭和天皇即位記念事業の一つとして博物館事業促進会の名称で設立された。代表は日本赤十字社代表である平山威信男爵。主たる目的は、近代国家となった我が国博物館の建設の機運の促進であった。このため設立後２ヶ月足らずで、機関誌「博物館研究」を発行して、博物館建設の急務を力説し、欧米の博物館の紹介記事を中心に啓蒙・普及に力を入れていた。このような初期の時代から、全国的な博物館事業の連絡団体として、より強い指導力を期待されて、昭和１５年には社団法人となり、博物館活動のより具体的な事業を展開することとなった。すなわち、それは現在まで続く全国博物館大会、研究協議会、そして月刊誌「博物館研究」の発行等をを中心に事業を推進している。収入源を広く民間企業へ拡大すべく、昭和６１年には財団法人となった。また、バブル期に急増した博物館は、その後の景気後退により財政的、職員数の減少などの問題等新たな問題が発生している。これらの問題については、対策等調査研究を進めているが、課題は多岐に亘るため、中々解決にいたっていない。引き続き、関係方面に働きかけるとともに、内部に研究会を作って対応して参りたい。一法、当協会が設立されてまもなく、博物館法設置に向けて、関係方面に働きかけを行い、昭和２６年に博物館法が成立することとなった。平成１０年に入り、生涯学習審議会によってまとめられた「社会の変化に対応した今後の社会教育の在り方について」で、「博物館の望ましい基準の大綱化・弾力化と公立博物館の学芸員数規定の廃止」が求められ、以後、文科省の委託事業により、「博物館の望ましい姿ー市民とともに創る新時代博物館」を上梓。その後平成１８年には、文科省に「これからの博物館の在り方に関する検討協力者会議」が設置され、平成１９年６月に、「新しい時代の博物館制度の在り方について」と題する報告書がまとめられた。このような社会・経済情勢の中で、博物館に対する期待は各方面から高まりを見せている。また、国際化・情報化のなかで、これまで、国際的な博物館活動については、イコム（国際博物館会議）日本委員会の事務局業務は、行っていたものの、国際交流等の事業は、ほとんど実施してこなかったが、今後は、国際交流事業についても、期からを入れてやっていきたい事業の一つである。
当協会の代表者については、戦後から平成元年まで、徳川宗敬氏が会長として就任されていた。（水戸徳川家当主で、貴族院議長）その後、津軽義孝氏（津軽家当主）、徳川義宣氏（尾張家当主、昭和天皇侍従）と、いわゆる旧大名家の方が続いたが、その後は、国立・公立・私立の順番に、理事会の互選により、会長を決めている。　平成１３年より２２年までは、公立博物館の館長を務められた、中川志郎氏・竹内誠氏が就任されていた。現在の会長は、元文部科学省事務次官であり、東京国立博物館長である。

普及啓発事業：月刊誌「博物館研究の発行」Ｂ５版７０頁 内容は、特集テーマ、調査研究成果の紹介・解説、博物館に関する投稿論文、海外博物館情報、全国の博物館の展覧会・教育普及活動の案内、国の文化・社会教育・文化財に関する施策の紹介等である。発行部数は、２，１００部である。
「全国博物館大会」開催。
「全国博物館大会」は、毎年、秋に２日間にわたり、全国持ち回りで開催する。
参加者は、約４００人。内容は、主要テーマに基づく基調講演、シンポジュウム、分科会に分かれての研究・討議である。
「全国博物館館長会議」開催　毎年、６月に文部科学省と共催で開催する。参加者は約４００人。
内容は、文部科学省・文化庁の社会教育・博物館・文化財に関する行政施策説明及び日本博物館協会の事業説明、並びに博物館運営に関する講演、パネルディスカッション、事例発表からなる。
支援事業：「博物館利用支援機器」の支給　
博物館利用支援機器」の支給、（財）日本宝くじ協会の助成金を受けて実施している。身障者・高齢者・子育て中の人等の博物館利用の機会の拡大を目的としている。
「博物館絆プロジェクト事業」博物館学芸員・ＯＢ等を中心とした博物館絆プロジェクトを組織して被災地以外の博物館と現地の被災博物館とが協力し、被災地に出前博物館を開設し、被災博物館の復旧支援及び被災地のこども達の学習・教育の支援を行う。被災博物館の復旧までの期限付きの事業とする。岩手県、宮城県及び福島県の被災３県を中心に行う。
調査研究事業・情報の収集提供に関する事業：「博物館登録制度の在り方調査研究」「学校の博物館利用の在り方調査研究」等、」時宜に適した事業を実施している。
資質向上に関する事業：「研究協議会の開催」全国３箇所において開催する。各箇所ごとに研究協議のテーマを定め、学芸員・事務職員を対象に、実務的研究協議を行う。参加者は、各１００名程度
「顕彰事業」博物館活動に貢献のあった博物館職員に対し、博物館功労者表彰を行うとともに、月刊誌「博物館研究」に掲載された優れた論文に対し「棚橋賞」（我が国における博物館学研究の先駆者である故棚橋源太郎氏を記念した賞）を、優れた実践報告に対し「博物館活動奨励賞」をそれぞれ授与する。
「美術品梱包輸送技能士資格認定事業」：美術品等の取り扱いに習熟した技能者の高齢化・引退等により、今後、円滑な博物館活動に支障が生じる恐れがあるため、これらの知識・技能の継承・向上を目的に、平成２４年度から本格実施する。
国際交流に関する事業：国際博物館の日記念事業」毎年イコムが提唱する同事業に対して５月１８日を中心に、各博物館は、入場無料、記念品の配布、博物館相互の連携事業の実施、講演会、展覧会の開催等を実施し、博物館への理解と普及を図る。
「国際会議への博物館関係者」派遣
国際博物館会議大会（３年毎に開催）及び各種博物館関係の国際会議に博物館関係者を派遣し、世界の博物館関係者とのネットワームの構築及び情報の共有を図り、世界の博物館との連携協力関係を構築する。

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