（財）結核予防会滋賀県支部、（財）滋賀県対ガン協会、滋賀県公衆衛生協会が統合し、新しい総合健康管理体制を目指し、事業の合理化・能率化・創造性・機能性を発揮し、県民の健康と福祉の向上に寄与することを目的として、財団法人滋賀県保健衛生協会として昭和５５年４月１日に設立。平成１５年４月１日、（財）滋賀県腎臓バンク、（財）滋賀県アイバンクを統合し、財団法人滋賀県健康づくり財団に改名した。主な活動実績は、住民の特定健診、特定保健指導ならびに結核、がん、その他疾病予防の健（検）診・検査等を始め、公衆衛生にかかる啓発事業、調査研究、保健医療従事者の研修、先天性代謝異常等検査、介護保険支援、ハンセン病対策事業、臓器移植コーディネータ事業等を実施。
なお、理事長太田剛は平成２１年４月１日に就任した。これまで、滋賀県事業課長、秘書課長、健康福祉部次長、公営企業管理者等を歴任し、平成１９年４月から２年間、民間企業の代表取締役を勤めた

（１）健康づくりに関する知識の普及および啓発（２）健康づくりに関する調査、研究および啓発（３）健康づくり関係技術者等の研修（４）結核、がん、その他の疾病の予防および健康づくりのための健診および検査（５）財団法人結核予防会、財団法人日本対がん協会および財団法人予防医学事業中央会の滋賀県支部としての事業（６）臓器移植の推進に関する事業（７）眼球提供者の募集および登録、角膜移植推進の啓発、眼球の保持および斡旋ならびに眼に関する保健衛生の知識の普及（８）腎臓提供者の募集および登録、腎臓移植推進の啓発、腎臓移植に伴う組織適合性検査への助成ならびに腎臓病に関する保健衛生の知識の普及（９）介護保険法に基づく指定調査機関としての事業（１０）その他当財団の目的を達成するために必要な事業

ホームページに沿革、事業目的、概要と事業年報、決算書、役員等を掲載している。

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