昭和60年10月1日、当時の自治省（現総務省）の設立許可を得て財団法人として発足した。当時は、全国各地で「一村一品運動」をはじめ、創意工夫を凝らして地域振興に取り組む地方公共団体の動きが活発化しつつあり、国もこうした活動を政策面から支援していた。こうした中で、地域の物産・イベント等の地域情報を発信する機会の提供や地域活性化の牽引車となる人材の育成・交流を図る役割を果たす機関の設置を望む声が高まり、全国知事会、全国市長会、全国町村会を始めとする地方自治関係団体の賛同を得て、地域活性化センターが誕生することになった。
平成25年4月1日に、法人制度改革の趣旨を踏まえて一般財団法人に移行し、平成27年10月で30周年を迎えることとなった。
理事長の椎川忍は、総務省地域力創造・緑の分権改革アドバイザー、地域に飛び出す公務員ネットワーク代表、NPO法人大山中海観光推進機構理事も務める。自治省国際室長、総務省財政課長、内閣府・総務省の大臣官房審議官、自治財政局長（元地域力創造審議官（初代））、自治大学校長などを経て、平成26年6月26日に地域活性化センター理事長へ就任した。

地域活性化センターはこれまで、地域情報の提供と調査研究、地域を担う人材育成、地域活性化のための助成支援事業の３本柱を軸に様々な事業に取り組んできた。
情報発信の面では、センター設立以来発行している情報誌「地域づくり」が創刊30周年を迎え、時
代とともに様々な切り口で地域活性化に関する先進事例を数多く取り上げてきた。他にも、全国の地方公共団体から派遣されている職員がフェイスブックを通じてほぼ毎日生きた地域情報を発信している。
人材育成の面では、「地域づくりは人づくり」をテーマに掲げ、地方創生の要である人材育成事業を支援するための各種事業に取り組んでいる。センターの看板事業である「全国地域リーダー養成塾」は、平成元年以来897名の地域リーダーを輩出してきた。他にも「地方成功人材のマッチングによる土日集中セミナー」「地方創生実践塾」「地方創生フォーラム」「人材養成塾（研修生の勉強会）」など多彩な人材育成事業を実施している。
助成支援事業については、「移住・定住・交流」「スポーツ拠点づくり」「地域イベント」など約10メニューを用意し、地方公共団体や地域づくり団体が実施する特色ある地域活性化事業を支援している。

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